Tento trochu zeměpisný zmatek se promítal v průběhu času i do názvu stanice. Zdejší nádraží, ať mu už říkáme jakkoliv, píše svou historii od roku 1871, kdy byla v úseku České Budějovice – Summerau dokončena přestavba původně koněspřežné železnice z Českých Budějovic do Lince a Gmundenu. Tu v roce 1857, tedy po třiceti letech provozu, převzala společnost Dráha císařovny Alžběty (KEB). Její hlavní tratí byla přitom dnešní Západní dráha z Vídně do Salzburgu včetně odbočky z Welsu do Pasova. Náhrada koněspřežky na rakouském území vedla ze Svatého Valentinu dnes již zrušenou tratí a do Lince byla původně pouze odbočka.

Nádraží Český Heršlák nebylo původně nijak důležité. Mělo tři dopravní koleje, jednu manipulační a menší výpravní budovu, stejnou, byť zrcadlově obrácenou, jako je dnes v Omlenicích. Zásadní zlom přišel v roce 1918, kdy zde vznikl hraniční přechod. Stávající budova byla nejprve doplněna o menší přízemní přístavbu, záhy však byly vystavěny dva nové objekty a značně rozšířeno kolejiště. Nádražní budova, umístěná blíže k Budějovicím, byla předána do užívání v roce 1921. Jaroslav Grüner, Jan Rokos a Augustin Škudla ze skupiny pozemních staveb Ředitelství státních drah v Plzni ji pojali ve stylu art deco a jde o podélný přízemní trakt se zvýšenou střechou vestibulu uprostřed a na koncích s patrovými pavilony. Vedlejší provozní a obytná budova, jednopatrová s výraznou mansardovou střechou, byla dokončena v následujícím roce a jejími autory byli opět Jaroslav Grüner a Augustin Škudla. Mezi oběma budovami je spojovací krček s památníkem připomínajícím 20. prosince 1918, kdy zde na území nově vzniklého Československa vstoupil prezident Tomáš Garrigue Masaryk.

Zajímavostí stanice byl i kolejový trojúhelník pro otáčení parních lokomotiv namísto obvyklé točny. Za války, kdy bylo území zabráno Německem a nebyl zde tedy hraniční přechod, byly budovy nádraží využívány pro železniční učiliště. Po rekonstrukci v roce 1947 přišly o mnohé zdobné prvky. Trať z Českých Budějovic do Summerau, ještě v 90. letech velmi vytížená nákladní dopravou, byla v letech 1999–2001 elektrizována, přičemž v Horním Dvořišti byla zbořena i původní výpravní budova z roku 1871. Dnes, v době Schengenského prostoru, je význam stanice pro osobní dopravu i s ohledem na málo osídlenou krajinu minimální, čemuž odpovídá i využití tamní budovy.