Předcházející období a operační programy
Členské státy předkládají své operační programy na základě dohod o partnerství. Každý operační program specifikuje, který z tematických cílů, jimiž se řídí politika soudržnosti, bude prostřednictvím financování dostupného pro operační programy řešit.
Období 2004–2006
Vstup do EU umožnil dnešní Správě železnic v letech 2004–2006 začít čerpat podporu z Fondu soudržnosti (FS) a z Evropského fondu regionálního rozvoje (ERDF/EFRR) pro modernizaci tratí celostátního a evropského významu a také z Programu TEN–T, který byl určen pro rozvoj transevropské dopravní sítě. Program TEN–T využívala Správa železnic hlavně pro spolufinancování přípravných a projektových dokumentací železničních staveb.
Období 2007–2013
V programovém období 2007–2013 pokračovala Správa železnic v úsilí získávat prostředky pro financování projektů především z Fondu soudržnosti, zejména prostřednictvím Operačního programu Doprava a Operačního programu Životní prostředí. Menší skupinu tvořily projekty financované z Evropského fondu pro regionální rozvoj a z Evropského sociálního fondu. Jednalo se o projekty přeshraniční spolupráce realizované v rámci Operačních programů ČR – Bavorsko, ČR – Sasko a ČR – Polsko a projekty podpořené z Operačního programu Praha Adaptabilita. Nadále pokračovalo spolufinancování projektů z programu TEN–T.
Období 2014–2020
V programovém období 2014–2020 využívala Správa železnic jako nástroj pro financování svých projektů především Fond soudržnosti, a to prostřednictvím Operačního programu Doprava a Operačního programu Životní prostředí, dále pak ve velké míře také Program CEF (Nástroj pro propojení Evropy – Connecting Europe Facility), který je nástupcem programu TEN–T. Z Integrovaného regionálního operačního programu získala Správa železnic prostředky ke spolufinancování pro jeden projekt.