Stavbě železnice se zde do cesty postavil skalní masiv se zříceninou hradu Liběhrad. Ten měl být původně protnut tunelem, avšak nakonec byla část skály odtěžena a železnice masiv obchází velkým obloukem. Výpravní budova byla jednoduchá, přízemní s prostředním patrovým traktem podle projektu architekta NStB Antona Jünglinga. Původně jednokolejná trať se v úseku Bubeneč – Kralupy nad Vltavou v roce 1867 zdvoukolejnila. V 90. letech 19. století došlo v Letkách, nynější části Libčic, k prodeji pozemků s ložisky jílů vhodných pro pálení cihel.

Kupujícím byl Karel Fischer, který zde se svým společníkem Antonínem Dvořákem, stavitelem z Královských Vinohrad, založil velkou cihelnu na výrobu standardních i speciálních komínových cihel a střešních tašek a zároveň firmu na projektování a stavbu továrních komínů. Protože masivní industrializace českých zemí si jich žádala mnoho stovek, firma Ant. Dvořák & K. Fischer, později Bratři Fischerové a spol. a Ing. V. Fischer & spol., prosperovala a stala se nejvýznamnějším stavitelem továrních komínů u nás. Jeden z nich, dodatečně opatřený komínovým vodojemem, stojí naproti dnes již bývalé cihelně, v areálu šroubáren. Ty vznikly již v roce 1872 založením železárny Pražského spolku železných hutí a specializovaly se především na šrouby, matice nebo nýty mimo jiné pro stavbu železnic.

Oba průmyslové areály byly samozřejmě napojeny vlečkami do libčické stanice, přičemž vlečka šroubáren byla poměrně rozsáhlá, což se odráželo i v konfiguraci kolejiště samotného nádraží. V roce 1912 nahradila původní výpravní budovu nová, postavená podle projektu ředitelství státních drah pro tratě bývalé Společnosti státní dráhy (StEG) pod vedením přednosty oddělení pozemních staveb Franze Uhla. Je v novobarokním slohu se secesními prvky a připomíná spíš malý zámeček nebo vilu. Od roku 1985 je trať elektrizovaná. Současně zde bylo instalováno i reléové zabezpečovací zařízení, které bylo v roce 1988 zapojeno do dálkového ovládání ze stanice Praha-Holešovice, odkud se řídil provoz vlaků mezi pražským hlavním nádražím a Kralupy nad Vltavou.

Po trati Plzeň – Cheb, dálkově ovládané od roku 1967, a krátkém úseku Příbor – Kopřivnice z roku 1985 šlo teprve o třetí uplatnění dálkového ovládání zabezpečovacího zařízení u nás. V roce 2002 se nádraží včetně výpravní budovy opravilo v rámci optimalizace tranzitního železničního koridoru. V sudé kolejové skupině se postavilo ostrovní nástupiště, kolejové spojky na kralupském zhlaví se vysunuly až za skálu Liběhrad.