Stavbu tratě podle projektu Jana Pernera zahájily stavební firmy bratří Kleinů a Vojtěcha Lanny v roce 1845, jen pár dnů po příjezdu prvního vlaku z Olomouce do Prahy. Od Buben až do Bubenče vede trať po náspu, který byl vybudován na severním okraji Královské obory částečně na břehu Vltavy a jejího ramene, přesto ale byla malá část obory železnicí odříznuta. Čerstvá zkušenost z obrovské povodně z března 1845 vedla k navýšení nivelety tratě o 1,5 až 2 metry, což se vyplatilo i v srpnu 2002. Umístění dráhy i nádraží muselo být se správou Královské obory složitě projednáno. Stromovka byla sice od roku 1804 přístupná veřejnosti, ale byl zde i letohrádek sloužící k rekreaci nejvyššího úředníka českého království – nejvyššího purkrabího, resp. místodržitele.

Výpravní budova navržená architektem NStB Antonem Jünglingem byla jednoduchá, patrová v empírovém slohu. Na budovu na drážďanské straně navazovala dřevěná letní čekárna pro davy výletníků z Prahy. Na pražské straně byla v roce 1877 přistavěna přízemní část pro dopravní kancelář. V roce 1897 byla po celé délce budovy směrem ke kolejím přistavěna otevřená veranda a o dva roky později byla letní čekárna přestavěna na uzavřenou zděnou, na kterou následně navázala přístavba restaurace, čímž se stavební vývoj budovy uzavřel. Nádraží v Bubenči využíval bývalý císař a poslední korunovaný český král Ferdinand I. (V.) Dobrotivý pro cesty na zámky v Ploskovicích a Zákupech, kdy používal vlak do Lovosic a později také do Srní u České Lípy (tehdy se nádraží jmenovalo Zákupy-Mimoň).

Genius loci bubenečského nádraží dotváří i tajemný zářez v protějším kopci Pecka, kudy vedla vlečka do papírny v Císařském mlýně, nebo obytná budova pro drážní zaměstnance z přelomu 19. a 20. století u úzkého podjezdu Mlýnské ulice. Půvabně jej zachytil malíř, grafik a ilustrátor Jiří Bouda (1934–2015), který zde koncem 50. let pracoval jako signalista.

Koncem 80. let bylo elektromechanické zabezpečovací zařízení dotýkané právě Jiřím Boudou nahrazeno reléovým, dálkově ovládaným z Prahy-Holešovic, přičemž byla zrušena manipulační kolej před výpravní budovou. Práce však bylo stále dost. Často zde čekaly nákladní vlaky na volný průjezd Prahou a některým se navíc přidávaly postrky. S modernizací trati byla v roce 2014 stanice změněna na výhybnu a pro cestující začala sloužit zastávka Praha-Podbaba na roztockém zhlaví. Osiřelou výpravní budovu koupilo v roce 2018 hlavní město Praha a předalo do správy Městské části Praha 6, která tu letos otevřela multifunkční centrum s názvem Stanice 6.
Marek Binko