Budou mít výšku nástupištních hran 550 mm nad temenem kolejnice, tedy v úrovni podlahy železničního vozu, což značně usnadní nastupování a vystupování z vlaku. Vybaví se novým informačním a orientačním systémem, rozhlasem a zvukovými majáčky pro nevidomé. Přístup na všechna nástupiště bude zajištěn i pomocí eskalátorů. O bezbariérový přístup se postarají výtahy v odjezdovém podchodu. Součástí projektu je také propojení přednádražního prostoru a jižní části města Pardubic, které zajistí nová bezbariérová lávka pro pěší.

Modernizace se dotkne také železniční infrastruktury, především železničního svršku a spodku, zabezpečovacího a sdělovacího zařízení a také silnoproudé technologie včetně dispečerské řídící techniky. Stavbaři se rovněž zaměří na mosty a propustky, inženýrské sítě či energetická zařízení. Dnešní traťová rychlost je v hlavních průjezdných staničních kolejích 100 kilometrů za hodinu a ve směru na Rosice nad Labem pouze 40 kilometrů za hodinu. Po dokončení modernizace dojde ke zlepšení traťových parametrů pardubického uzlu tak, že vlaky budou schopny projíždět stanici rychlostí až 160 kilometrů za hodinu.

 Vlaky ovšem výrazně ztichnou, a to díky použití pražců s pružným upevněním. O vyšší bezpečnost se postará nové staniční zabezpečovací zařízení 3. kategorie - plnohodnotné elektronické stavědlo. Ovládat ho budou dispečeři z Centrálního dispečerského pracoviště v Praze. V rámci stavby se na pardubickém hlavním nádraží také počítá s implementací evropského vlakového zabezpečovacího zařízení ETCS a úpravou zařízení pro automatické vedení vlaku AVV.

Nedílnou součástí bude také montáž nového trakčního vedení ve stejnosměrné napěťové soustavě 3 kV umožňující rychlost do 160 kilometrů za hodinu.  Výluková činnost zatím není naplánována, nicméně nedojde k celkové výluce nádraží. Výluky budou probíhat v jednotlivých etapách tak, že na nádraží bude vždy zachován provoz, byť omezený.

Rekonstrukce nádražních budov je rozdělena na dvě části. Budovu hotelu bychom měli začít opravovat v roce 2020. Objekt dostane novou fasádu, okna, inženýrské sítě a střechu. Budova je památkově chráněná. Její další využití plánujeme pro vlastní potřeby. Výpravní budovu máme zahrnutou do investiční činnosti po roce 2020. Rekonstrukci obou budov ještě musí schválit Centrální komise MD.